中医院耳鼻喉科是江苏省中医重点专科,也是特色科室之一,长期致力于耳、鼻、咽喉疾病的诊疗,技术力量雄厚,拥有主任医师1名,主治医师3名,住院医师5名。江苏省有突出贡献中青年专家、南通市专业技术拔尖人才1名。科内设备先进,配备了多种中高档仪器。对耳鼻咽喉科常见疾病的诊断和治疗外,还能进行鼻窦内窥镜手术、全喉切除发音重建,上颌骨截除术、颈淋巴廓清、乳突根治鼓膜修补术,鼻咽部血管瘤摘除、气管异物取出、食道异物取出等一系列高难度手术。科内多项科研项目,获江苏省和南通市科技进步奖。设计研制的全喉切除发音重建新方法,达到领先水平,使众多因喉癌行全喉切除的患者恢复了语音功能;完成的“中西医结合治疗声带小结”研究课题,经专家鉴定达到一定领先水平;研制的“咽喉冲剂”治疗声带小结,经临床应用后,使极大部分声带小结患者免受开刀之苦。为了加快科室整体实力提升,启东中医院和上海优质医疗团队合作,中医西结合,倾力打造优质专科品牌。在中医方面,特邀上海曙光医院和上海中医院知名中医专家坐诊;在西医方面,周一和周五有上海长征医院主任医师坐诊或手术。能顺利开展如喉肿瘤切除术、悬雍垂